El fenómeno roturador conducirá a la fundación de las nuevas poblaciones de La Mancha, Valdepeñas, Los Villares y Campillo de Arenas, proceso que llevará a cabo la ciudad de Jaén, pues gran parte de sus tierras se encontraban muy cerca de la frontera nazarí y se hallaban despobladas. Este proceso fue lento en su ejecución, tardanza provocada por el desacuerdo en el Concejo de la ciudad entre los regidores con intereses ganaderos, encuadrados en la poderosa cofradía de Santo Domingo de los Pastores, y los partidarios de la repoblación.

La primera villa en repoblarse fue Cambil, pero de forma lenta, a partir de 1485. En 1489, los Reyes Católicos dieron licencia al Concejo de Jaén para repoblar Otíñar, Los Villares y Heliche, que en principio no tuvo éxito. Nuevas licencias para repoblaciones concedieron los Reyes Católicos en 1494 para los lugares de La Mancha, Letraña, Torre del Moral, Lerix, Cárchel y Arbuniel, que tampoco llegaron a realizarse.

Fue en 1508 cuando el Concejo de Jaén pidió licencia a Dª Juana para repoblar la tierra en la antigua frontera, con la condición de que no se viese alterada la jurisdicción de la ciudad de Jaén y, como concesión a los ganaderos, los términos seguirían siendo comunes. Se pretendían repoblar los lugares de Otíñar⁽³⁾, Susana y Ranera, Nava del Can, Hoyo de Rabaneros, Cerro del Viento y Hoya Vellida, Letraña-La Mancha-Torre del Moral, y Campillo de Arenas, con un total de 800 vecinos (cerca de 4.000 habitantes). Ambicioso proyecto que no se llevó a cabo inmediatamente. Ya en 1537, tiempos de Carlos I, desde Valladolid se dictó sentencia contra el Concejo, Justicia, Regidores y Cofradía de la Mesta de Jaén, obligándoles al cumplimiento de la Real Cédula, aunque ya sin fijar el número de vecinos y desapareciendo el lugar de Hoya de Rabaneros. Fue entonces cuando se fundó La Mancha (con los cortijos de Letraña, La Mancha y Torre del Moral), Valdepeñas (Susana y Ranera), Los Villares (Cerro del Viento y Hoya Vellida) y Campillo de Arenas⁽⁴⁾. En 1539, la población de algunos de estos lugares era bastante significativa, como lo demuestra el hecho de que el Obispo Francisco de Mendoza diese licencia a dos presbíteros para que dijeran misa en la villa de la Mancha, antiguo cortijo de Jaén, por haber en él mucha gente que no venía a la ciudad. En el mismo año se despachó otra licencia semejante para el cortijo de Los Villares, lugar también con numerosa vecindad⁽⁵⁾.

Este importante aumento demográfico —en gran parte producto de la desaparición del reino musulmán de Granada y el peligro del carácter fronterizo de las tierras jiennenses— se ve frenado en las últimas décadas del siglo XVI, e incluso se produce cierto retroceso en algunos lugares, como en el de Otíñar, dentro del término municipal de Jaén⁽⁶⁾.

En este siglo, las necesidades monetarias de la Corona van a ser determinantes en las ventas de jurisdicciones o de lugares, además de la presión fiscal, que estaba mediatizada por la institución concejil o ayuntamiento, responsable de la recaudación. Por lo general, en los pueblos pequeños, el procedimiento de recaudación consistía en la notificación de determinado cupo y el ayuntamiento gozaba de autonomía para repartir la cantidad exigida, que podía proceder de sus propios recursos (ingresos de propios y arbitrios concejiles) o bien mediante derramas o repartimientos entre los vecinos sin tener en cuenta las diferencias de fortuna.

En la segunda mitad del siglo XVI las exigencias fiscales de la Corona aumentaron notablemente, por lo que se produjo un aumento de la fiscalidad sobre el medio rural, especialmente en las tercias y alcabalas y, ya a final de siglo, el servicio de millones, además de otros impuestos.

Las necesidades hacendísticas de la Corona llevaron también a buscar nuevas fuentes de financiación, y en el patrimonio colectivo de los pueblos encontraron una fuente de ingresos importante. Las medidas adoptadas sobre este patrimonio fueron varias. Una de ellas era el arrendamiento de estos bienes, eliminando su carácter gratuito, lo que implicaba la roturación de tierras de pastos y la deforestación. Otras medidas eran la utilización de los fondos del pósito, el establecimiento de sisas especiales sobre los artículos de consumo, la venta de tierras baldías, etc. A veces, los mismos ayuntamientos tomaban créditos para atender sus obligaciones fiscales a cambio de censos que hipotecaban el patrimonio colectivo, lo que no fue suficiente para paliar la creciente presión fiscal sobre los habitantes del mundo rural.

Un elemento más de este proceso recaudatorio de la Corona es la venta de jurisdicciones o de lugares, que produjo gran angustia en el mundo rural. El temor a depender jurisdiccionalmente de un señor ante la venta de un lugar por parte de la Hacienda, con frecuencia llevó a los vecinos de lugares de realengo a evitarlo apresuradamente. El proceso era reunir el dinero convenido con la Hacienda Real, normalmente a crédito, para pagar en los plazos estipulados, adelantándose así a un posible comprador.

Algo semejante ocurrió con algunos lugares del amplio término de la ciudad de Jaén, que no sólo evitaron que éstos pasasen a jurisdicción señorial, sino que, como lugares realengos, se eximieron de la dependencia jurisdiccional de la ciudad, por lo que el siglo XVI supuso para la ciudad la pérdida de gran parte de su término municipal. Un término que había tenido gran extensión desde 1246, cuando tras la conquista de Jaén, Fernando III entregó al concejo las tierras situadas al Norte de la ciudad, el extenso pago de las Fuentes: Fuente Mora (La Imora), Fuente del Campo (Torredelcampo), Fuente Tétar, Fuente del Río (Fuerte del Rey); también Fuente de La Higuera y Villanueva, que volverían a la jurisdicción de Andújar en 1254, ocho años más tarde, por orden de Alfonso X⁽⁷⁾. Además pertenecían a Jaén, Cazalilla, Torrequebradilla, Mengíbar, Pegalajar y otros lugares, que en gran parte fueron producto de la nueva repoblación, como Mancha Real, Valdepeñas y Los Villares. Las tierras de Cambil, Cárchel⁽⁸⁾, Carchelejo, Noalejo y Campillo de Arenas pasaron a jurisdicción de la ciudad tras la conquista del Reino de Granada y luego repobladas en gran parte. Sólo la limítrofe población de La Guardia⁽⁹⁾ permanecía como tierra de señorío, rodeada por una importante extensión de tierras del concejo jiennense.

A lo largo del siglo XVI fueron emancipándose de la tutela de Jaén gran parte de ellos, debido principalmente a las necesidades monetarias de la corona. Mancha Real obtuvo el título de villa en 1557, Cambil con Cárchel y Carchelejo⁽¹⁰⁾ se emancipó en 1558 —habían pertenecido a Jaén desde su conquista en 1485—⁽¹¹⁾, también en 1558 obtuvieron el privilegio de villa Valdepeñas de Jaén⁽¹²⁾ y Torrequebradilla⁽¹³⁾. Pegalajar y Campillo de Arenas lo fueron en 1559⁽¹⁴⁾, Mengíbar en 1574⁽¹⁵⁾, Noalejo vendido a doña Mencía de Salcedo también en la segunda mitad del XVI⁽¹⁶⁾, y Los Villares en 1600⁽¹⁷⁾.

Ninguna venta de lugares del término de Jaén estuvo exenta de polémica. El caso de la independencia de Mengíbar es bastante significativo. El año de 1573, anterior a la independencia, fue conflictivo, debido a la formación entre los vecinos de dos bandos enfrentados que pujaron por la compra del lugar. Uno encabezado por los alcaldes y regidores, y otro por Rodrigo Ponce de León, vecino y veinticuatro de la ciudad de Jaén.

El primero, partidario de que la venta se hiciese a los vecinos de Mengíbar, quería evitar a toda costa que el lugar pasase a jurisdicción señorial y presentó al Consejo de Castilla tal solicitud. Tuvieron una dura oposición en Rodrigo Ponce de León, que aglutinó en torno suyo a 108 vecinos de Mengíbar y, a su vez, presentó su solicitud de compra. El Corregidor de Jaén intervino en la polémica de forma claramente partidaria, apoyando a Rodrigo Ponce de León y encarcelando a los alcaldes y algunos regidores de Mengíbar.

A pesar de todas las presiones, el Consejo Real decidió vender la jurisdicción en 22.500 ducados a los vecinos de Mengíbar, que debían ser repartidos entre todos ellos, o bien tomados a censo sobre los propios con la facultad de poder arrendar las dehesas y heredamientos de pasto y labor del lugar⁽¹⁸⁾.

Acciones semejantes a las descritas tuvieron lugar en Pegalajar, como la división en bandos, la intervención del Corregidor de Jaén, el encarcelamiento de los alcaldes, etc. Evidentemente, en la venta de los lugares del término municipal de Jaén se conjugan intereses dispares y opuestos, como son los de los vecinos del lugar, de la oligarquía municipal de la ciudad de Jaén, de la Corona, de ganaderos, de agricultores,... que supuso un gran debate público en su día y que, por regla general, terminaron por verse eximidos de la jurisdicción jiennense en favor de los vecinos. Las nuevas villas eximidas continuaron como lugares de realengo, pero quedaron fuertemente endeudadas al pagar las elevadas cuantías que suponía la libertad.